الرقم الهيدروجيني هو قياس حموضة المحلول، مثل ماء الحوض. يتراوح الرقم الهيدروجيني لمياه البحر الطبيعية من حوالي 8.2 إلى 8.4، إلا أن الحفاظ على الرقم الهيدروجيني في نطاق 8.1 إلى 8.5 يوميًا ليس له أي تأثير سلبي على الكائنات البحرية الأسيرة. للحفاظ على درجة حموضة ثابتة ضمن النطاق المطلوب، يجب الحفاظ على القلوية ضمن نطاق 7 - 12 dKH (2.5 - 4.3 meq/L). غالبًا ما تكون الأحواض المائية ذات الدورة الدموية المنخفضة على سطح الماء، والتي يتم فيها استخدام مفاعل الكالسيوم المحقون بثاني أكسيد الكربون، أو التي يتم فيها استخدام مزيج ملح بحري ناقص الكربونات، منخفضة في درجة الحموضة. سوف يعيد الرقم الهيدروجيني + الرقم الهيدروجيني في الحوض إلى النطاق المطلوب. استخدمه وفقًا للتوجيهات ولا تتجاوز قيمة الرقم الهيدروجيني 8.5، لأن هذا الرقم الهيدروجيني قد يكون مرهقًا و/أو مميتًا لسكان أحواض السمك الحساسة. بالإضافة إلى ذلك، يجب إجراء تغييرات على الرقم الهيدروجيني بشكل تدريجي جدًا، مرة أخرى لتجنب الضغط على سكان الحوض. ليس من غير المعتاد أن يتقلب الرقم الهيدروجيني على مدار 24 ساعة بين قيم تبدو واسعة النطاق (أي 8.1 في الليل إلى 8.4 خلال منتصف النهار)؛ وهذا أمر طبيعي ناجم عن التغيرات في معدلات التمثيل الضوئي بين فترات الظلام والضوء. يتم مواجهة هذا الموقف بشكل متكرر في الأحواض المائية التي تشهد نموًا كبيرًا للطحالب الكبيرة (في حوض السمك المعروض أو في الملجأ). إحدى الطرق المؤكدة لتقليل هذا التقلب اليومي في درجة الحموضة هي تنفيذ ملجأ مضاء وفقًا لجدول زمني معاكس لإضاءة حوض العرض (المعروف باسم التمثيل الضوئي لضوء النهار العكسي). في هذه الطريقة، تتم إضاءة الملجأ ليلاً عندما يتم إطفاء أضواء عرض الحوض، والعكس صحيح؛ يشجع التداخل لمدة ساعة واحدة بين تشغيل جميع الأضواء على الانتقال السلس وتغيير طفيف في الرقم الهيدروجيني. والنتيجة هي أن عملية التمثيل الضوئي تتم على مدار 24 ساعة يوميًا وتحافظ على درجة الحموضة مستقرة قدر الإمكان. إذا كانت مستويات الأس الهيدروجيني أقل باستمرار من المستوى المطلوب وكانت القلوية ضمن النطاق المناسب، فإن زيادة دوران المياه بالقرب من سطح الحوض غالبًا ما يؤدي إلى نتائج إيجابية؛ تعمل هذه الممارسة على زيادة معدل تبادل الغازات وتشجع ثاني أكسيد الكربون المحبوس على الخروج من الحوض قبل أن تتاح له فرصة تكوين الأحماض الضعيفة المسؤولة عن انخفاض الرقم الهيدروجيني واستنفاد القلوية.