تؤثر ظروف النقل والتخزين بشكل كبير على جودة وأداء شرائح المجهر. يجب تخزين شرائح المجهر في مكان جاف عند درجة حرارة الغرفة ثابتة. ينبغي تخزين الشرائح على منصة نقالة أو رف وليس على الأرض مباشرةً. لا تقم بتخزين الشرائح والمذيبات معًا لأن سطح الشريحة يمكن أن يتحول إلى كاره للماء. إذا كانت درجة الحرارة ترتفع باستمرار وتبرد، فقد يحدث تكثيف، مما قد يسبب التصاق الشرائح. نوصي أيضًا، عند الشحن إلى العميل، بإرشاده للسماح للشرائح بالوصول إلى درجة حرارة الغرفة قبل فتح الصناديق الكرتونية واستخدامها.